As linhas de investigação do CEIA, que se desenvolvem em estreita relação com as áreas de formação do ISEC Lisboa, incluem:
- CL1 – Práticas Pedagógicas e Didáticas Específicas
- CL2 – Gestão das Organizações e do Currículo
- CL3 – Estratégias de Proteção, Segurança e Ambiente
- CL4 – Sustentabilidade e Gestão do Território
- CL5 – Modernização Administrativa
- CL6 – Aeronáutica, Espaço e Transporte Aéreo (AETA)
- CL7 – Formação, Avaliação e Desenvolvimento Profissional dos Professores
- CL8 – Gestão da Hospitalidade